تغلبت الحكمة وإنتهت مشكلة جامعتى النيل وزويل ببقاء الجامعتين معا، فمصر الحاضر والمستقبل فى حاجة إليهما وإلى ما هو أكثر منهما. كان واضحا من البداية أن قرارات حكومات ما بعد ثورة يناير هى سبب الأزمة، عندما تعاملت مع جامعة النيل بروح انتقامية من رئيس آخر وزارة فى عهد مبارك د. أحمد نظيف على اعتبار أنه الذى كان وراء جامعة النيل لتكون محطة استقرار بعد أن يترك رئاسة الوزارة. ومع أن الدنيا تغيرت بعد ثورة يناير والذين كانوا فى حكومة مبارك تغيرت مصائرهم، فإن السلطوية هوت على رأس جامعة النيل وأقحمت دون مبرر الدكتور زويل فى نزاع قانونى استمر نحو ثلاث سنوات. ومن ناحية الدكتور زويل وهو عالم جليل، لا أحد ينكر الجهد الذى قام به فى تشكيل مجلس أمناء جامعته من كبار علماء نوبل، وفى المقابل فلم تكن جامعة النيل مشروعا تقليديا وإنما كانت جامعة بحثية تواكب بقدر ما تستطيع تطور العلم والتكنولوجيا، وقد اكتشف مجلس أمنائها الذى يضم عددا من القامات المصرية الذين لم تمسهم شاردة مثل الدكتور عبدالعزيز حجازى رئيس وزراء مصر الأسبق والدكتور إبراهيم بدران، سلامة القاعدة القانونية التى تقوم عليها الجامعة، فكان دفاعهم عنها أمام المحاكم التى أصدرت ثلاثة أحكام جاءت كلها فى مصلحة جامعة النيل. وقد كانت دهشتى منذ تابعت النزاع محاولة كل طرف الانفراد بأرض الجامعة التى تصل إلى 127 فدانا. ورغم أن الأرض ليست ملكا لإحدى الجامعتين ولا تستطيع إحداهما التصرف فيها فقد كان هناك من أفتى ليشعل النزاع أن وراء الجامعة "هبرة" منتفعين من تجار الأراضى والسماسرة! تغلبت حكمة الرئيس عدلى منصور الذى تدخل كقاض عادل، وأيضا كرئيس يهمه وجود الجامعتين. ولما كان فى الأرض مبنيان فقد كان الاتفاق على أن تستقر جامعة النيل فى أحدهما بصفة دائمة، بينما تشغل جامعة زويل المبنى الثانى إلى أن تقوم مبانيها فى الأرض التى ستخصص لها. ورأيى أن يكون التخصيص فى نصف مساحة الأرض الحالية فهى تكفى، وتجاور الجامعتين فى حد ذاته معنى لوحدة وطنية فى صورتها العلمية.